Liên đoàn bóng đá Việt Nam ban hành điều lệ Giải bóng đá Hạng Nhì Quốc gia 2018 vào ngày 5 tháng 4 năm 2018. Sáng ngày 12 tháng 4 năm 2018 tại quận Tân Bình - Thành phố Hồ Chí Minh, Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã tiến hành bốc thăm, xếp lịch thi đấu cho giải bóng đá Hạng nhì Quốc gia 2018. Vòng loại sẽ diễn ra theo hai lượt; Lượt đi diễn ra từ ngày 25 tháng 4 đến ngày 25 tháng 5 năm 2018; còn lượt về diễn ra từ ngày 5 tháng 6 đến ngày 5 tháng 7 năm 2018. Vòng chung kết bao gồm 3 trận đấu diễn ra trong 4 ngày từ ngày 12 đến ngày 15 tháng 7 năm 2018.

Mùa giải này, có ba Đội bóng rút lui không tham dự giải đó là Viettel B, Quảng Ngãi và Mancons Sài Gòn. Trong khi đó, có hai Đội bóng chuyển giao cho đội bóng khác; Cà Mau đã chuyển giao cho Fishsan Khánh Hòa[3] còn PVF đã chuyển giao cho Phố Hiến.[4]